Hướng dẫn kê khai thuế GTGT cho doanh nghiệp mới thành lập [2026]

Kê khai thuế GTGT cho doanh nghiệp mới – Những điều cần biết ngay từ đầu

Khi mới thành lập doanh nghiệp, một trong những nghĩa vụ pháp lý đầu tiên mà người đại diện theo pháp luật phải thực hiện là đăng ký và kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT). Đây không chỉ là nghĩa vụ bắt buộc theo quy định của Luật Quản lý thuế (Luật số 108/2025/QH15, hiệu lực từ 01/7/2026) mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến quyền lợi tài chính của doanh nghiệp – đặc biệt là quyền được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào.

Trong thực tiễn tư vấn tại Luật Taga, chúng tôi nhận thấy rất nhiều doanh nghiệp mới mắc sai lầm ngay từ bước chọn phương pháp tính thuế hoặc nộp tờ khai chậm, dẫn đến bị xử phạt hành chính hoặc mất quyền khấu trừ thuế. Bài viết này sẽ hướng dẫn chi tiết từng bước để doanh nghiệp mới thực hiện đúng và đủ nghĩa vụ kê khai thuế GTGT.

Cơ sở pháp lý về thuế GTGT doanh nghiệp cần nắm

Việc kê khai thuế GTGT được điều chỉnh bởi các văn bản pháp luật chính sau:

• Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 (hiệu lực từ 01/7/2025, thay Luật số 13/2008/QH12), sửa đổi bởi Luật số 149/2025/QH15
• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 (có hiệu lực từ 01/7/2026, thay Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14)
• Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế 2025 (thay Nghị định 126/2020/NĐ-CP)
• Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP
• Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Thông tư 69/2025/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT (thay Thông tư 219/2013/TT-BTC)

Lưu ý quan trọng: Doanh nghiệp mới thành lập cần đặc biệt chú ý Điều 21 Nghị định 181/2025/NĐ-CP về đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ và Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC về khai thuế theo quý.

Thông tư, nghị định hướng dẫn kê khai thuế GTGT mới nhất năm 2026

Năm 2025–2026, các văn bản về thuế GTGT và quản lý thuế đã được thay gần như toàn bộ. Khi tra cứu "quy định kê khai thuế GTGT mới nhất", doanh nghiệp cần dùng đúng các văn bản sau:

Về chính sách thuế GTGT (tính thuế, khấu trừ, hoàn thuế):

• Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15: có hiệu lực từ 01/7/2025, thay Luật số 13/2008/QH12; được sửa đổi bởi Luật số 149/2025/QH15 (hiệu lực từ 01/01/2026).
• Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Thông tư 69/2025/TT-BTC: hướng dẫn Luật Thuế GTGT, thay Thông tư 219/2013/TT-BTC.
• Nghị quyết 204/2025/QH15: giảm thuế suất GTGT từ 10% xuống 8% cho một số nhóm hàng hóa, dịch vụ, từ 01/7/2025 đến hết 31/12/2026.

Về thủ tục khai, nộp thuế (kỳ khai, hạn nộp, tiền chậm nộp):

• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15: có hiệu lực từ 01/7/2026, thay Luật Quản lý thuế 2019.
• Nghị định 252/2026/NĐ-CP (ban hành ngày 30/6/2026) và Thông tư 89/2026/TT-BTC: hướng dẫn Luật Quản lý thuế 2025. Kê khai thuế GTGT theo quý được quy định tại Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Về xử phạt: Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP (hiệu lực từ 16/01/2026).

Các nghĩa vụ thuế phát sinh trước những mốc hiệu lực trên được xử lý theo quy định chuyển tiếp của văn bản tương ứng. Doanh nghiệp nên cập nhật phần mềm HTKK hoặc phần mềm kế toán lên phiên bản mới nhất trước khi lập tờ khai.

Bước 1: Xác định phương pháp tính thuế GTGT

Đây là quyết định quan trọng nhất khi doanh nghiệp bắt đầu hoạt động. Theo quy định hiện hành, có hai phương pháp tính thuế GTGT:

Phương pháp khấu trừ

Áp dụng theo Luật Thuế GTGT 2024 và Điều 21 Nghị định 181/2025/NĐ-CP:

• Bắt buộc: doanh nghiệp có doanh thu hằng năm từ bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ từ 1 tỷ đồng trở lên (doanh nghiệp mới hoạt động dưới 12 tháng thì ước tính doanh thu cả năm theo số tháng hoạt động)
• Tự nguyện đăng ký: doanh nghiệp mới thành lập có đầu tư, mua sắm, nhận góp vốn bằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh, hoặc có dự án, phương án đầu tư được phê duyệt. Điều kiện này không phụ thuộc giá trị tài sản hay vốn điều lệ.

Công thức:

Thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra – Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Ưu điểm: Được khấu trừ thuế đầu vào, phù hợp với doanh nghiệp có chi phí đầu vào lớn.

Phương pháp trực tiếp

Áp dụng cho doanh nghiệp không đủ điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ:

Công thức:

Thuế GTGT phải nộp = Doanh thu × Tỷ lệ % theo từng ngành nghề

Bảng tỷ lệ % tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp:

Ngành nghề	Tỷ lệ %
Phân phối, cung cấp hàng hóa	1%
Dịch vụ, xây dựng (không bao thầu vật tư)	5%
Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa, xây dựng có bao thầu vật tư	3%
Hoạt động kinh doanh khác	2%

Thực tế tư vấn

Trong nhiều trường hợp chúng tôi gặp, doanh nghiệp mới thành lập ước tính doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm thường mặc định áp dụng phương pháp trực tiếp. Tuy nhiên, chỉ cần có mua sắm tài sản, máy móc, công cụ dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh, doanh nghiệp hoàn toàn có thể tự nguyện đăng ký phương pháp khấu trừ ngay từ đầu. Đây là điểm mà nhiều kế toán mới thường bỏ qua.

Bước 2: Đăng ký phương pháp tính thuế với cơ quan thuế

Theo quy định tại Điều 7 Thông tư 219/2013/TT-BTC:

• Doanh nghiệp mới thành lập phải gửi Mẫu 06/GTGT (Thông báo áp dụng phương pháp tính thuế GTGT) đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp
• Thời hạn: Cùng với thời hạn nộp hồ sơ khai thuế GTGT của kỳ kê khai đầu tiên
• Phương pháp tính thuế được ổn định trong 2 năm liên tục

Lời khuyên từ Luật Taga: Việc lựa chọn phương pháp tính thuế nên được cân nhắc kỹ dựa trên kế hoạch kinh doanh 2 năm đầu tiên. Nếu doanh nghiệp dự kiến có nhiều hóa đơn đầu vào (mua nguyên vật liệu, máy móc, thuê mặt bằng...), phương pháp khấu trừ thường có lợi hơn.

Bước 3: Xác định kỳ kê khai thuế GTGT

Theo Luật Quản lý thuế 2025, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC (áp dụng từ 01/7/2026), kỳ kê khai thuế GTGT được xác định như sau:

Kê khai theo quý

Áp dụng cho doanh nghiệp mới thành lập, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện kê khai theo tháng:

• Quý I: Hạn nộp tờ khai đến ngày cuối cùng của tháng đầu quý II (30/4)
• Quý II: Hạn nộp đến 31/7
• Quý III: Hạn nộp đến 31/10
• Quý IV: Hạn nộp đến 31/1 năm sau

Kê khai theo tháng

Áp dụng cho doanh nghiệp có doanh thu năm trước liền kề trên 50 tỷ đồng. Doanh nghiệp mới thành lập được kê khai theo quý, nhưng nếu muốn kê khai theo tháng thì phải thông báo cho cơ quan thuế.

• Hạn nộp tờ khai: Ngày 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế

Ví dụ thực tế

Công ty TNHH ABC thành lập ngày 15/01/2026, đăng ký kê khai thuế GTGT theo quý. Kỳ kê khai đầu tiên là Quý I/2026 (từ 15/01 đến 31/03/2026). Hạn nộp tờ khai Quý I là ngày 30/04/2026. Nếu Công ty ABC nộp tờ khai ngày 05/05/2026, sẽ bị xử phạt chậm nộp tờ khai theo Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP).

Hạn nộp và cách nộp tờ khai thuế GTGT quý II, III, IV/2026

Với doanh nghiệp khai theo quý, hạn nộp tờ khai đồng thời là hạn nộp tiền thuế: ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo. Nếu hạn nộp rơi vào ngày nghỉ, hạn được chuyển sang ngày làm việc kế tiếp. Áp dụng cho năm 2026:

Kỳ khai	Hạn theo quy định	Hạn thực tế
Quý II/2026	31/7/2026	31/7/2026 (thứ Sáu)
Quý III/2026	31/10/2026 (thứ Bảy)	02/11/2026 (thứ Hai)
Quý IV/2026	31/01/2027 (Chủ nhật)	01/02/2027 (thứ Hai)

Doanh nghiệp khai theo tháng nộp tờ khai chậm nhất ngày 20 của tháng sau. Ví dụ, tờ khai tháng 10/2026 phải nộp chậm nhất ngày 20/11/2026.

Cách nộp tờ khai thuế GTGT quý:

1. Lập tờ khai trên HTKK (phiên bản mới nhất) hoặc phần mềm kế toán: Mẫu 01/GTGT nếu tính thuế theo phương pháp khấu trừ, Mẫu 04/GTGT nếu theo phương pháp trực tiếp. Chọn kỳ khai "Quý".
2. Kết xuất file XML, đăng nhập cổng thuế điện tử của Cục Thuế (thuedientu.gdt.gov.vn) bằng tài khoản của doanh nghiệp.
3. Tải tờ khai lên, ký bằng chữ ký số và gửi.
4. Kiểm tra email thông báo tiếp nhận và thông báo chấp nhận hồ sơ.
5. Nếu có số thuế phải nộp, lập giấy nộp tiền điện tử ngay trên cổng thuế trong cùng thời hạn.

Doanh nghiệp mới thành lập được chọn khai theo quý ngay từ đầu. Sau năm đầu, nếu doanh thu năm trước liền kề vượt 50 tỷ đồng thì chuyển sang khai theo tháng.

Bước 4: Chuẩn bị và nộp tờ khai thuế GTGT

Đối với phương pháp khấu trừ

Sử dụng Mẫu số 01/GTGT (tờ khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ), bao gồm:

• Phần A: Thông tin người nộp thuế (tên, MST, địa chỉ, kỳ tính thuế)
• Phần B: Tính thuế GTGT phải nộp
  • Chỉ tiêu [21] đến [25]: Hàng hóa, dịch vụ bán ra
  • Chỉ tiêu [23] đến [25]: Thuế GTGT đầu ra
  • Chỉ tiêu [26] đến [32]: Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ
  • Chỉ tiêu [33] đến [43]: Xác định thuế GTGT phải nộp hoặc còn được khấu trừ

Đối với phương pháp trực tiếp

Sử dụng Mẫu số 04/GTGT hoặc Mẫu số 03/GTGT (đối với hoạt động mua bán vàng, bạc, đá quý).

Quy trình nộp tờ khai điện tử

1. Đăng ký tài khoản trên cổng thuế điện tử của Cục Thuế (Bộ Tài chính) (thuedientu.gdt.gov.vn)
2. Đăng ký chữ ký số (token USB) – đây là bắt buộc để nộp tờ khai điện tử
3. Lập tờ khai trên phần mềm HTKK (Hỗ trợ kê khai) hoặc phần mềm kế toán có tích hợp
4. Ký điện tử và gửi tờ khai qua cổng thuedientu.gdt.gov.vn
5. Nhận thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận từ cơ quan thuế

Lưu ý: Theo Điều 17 Thông tư 80/2021/TT-BTC, doanh nghiệp mới thành lập chưa phát sinh doanh thu vẫn phải nộp tờ khai thuế GTGT (tờ khai "trắng"). Việc không nộp tờ khai dù không phát sinh thuế vẫn bị xử phạt.

Bước 5: Nộp thuế GTGT (nếu phát sinh)

Sau khi kê khai, nếu doanh nghiệp có số thuế GTGT phải nộp, cần thực hiện nộp thuế theo thời hạn:

• Thời hạn nộp thuế trùng với thời hạn nộp tờ khai (Luật Quản lý thuế 2025; trước 01/7/2026 là Điều 55 Luật Quản lý thuế 2019)
• Nộp qua ngân hàng thương mại hoặc Kho bạc Nhà nước
• Có thể nộp trực tuyến qua cổng thuế điện tử

Tính tiền chậm nộp thuế

Theo Luật Quản lý thuế 2025 (giữ mức của Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019), tiền chậm nộp được tính như sau:

Tiền chậm nộp = Số tiền thuế chậm nộp × 0,03% × Số ngày chậm nộp

Ví dụ: Doanh nghiệp chậm nộp 100 triệu đồng tiền thuế GTGT trong 30 ngày sẽ phải chịu tiền chậm nộp là: 100.000.000 × 0,03% × 30 = 900.000 đồng.

Các sai lầm thường gặp và cách phòng tránh

Sai lầm 1: Không nộp tờ khai khi chưa phát sinh doanh thu

Nhiều doanh nghiệp mới cho rằng chưa có doanh thu thì không cần kê khai. Đây là sai lầm nghiêm trọng. Theo quy định, doanh nghiệp phải nộp tờ khai thuế GTGT đúng hạn kể cả khi không phát sinh hoạt động kinh doanh.

Mức xử phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP:

Hành vi vi phạm	Mức phạt
Chậm nộp tờ khai từ 01 đến 05 ngày (có tình tiết giảm nhẹ)	Cảnh cáo
Chậm nộp tờ khai từ 01 đến 30 ngày	2 – 5 triệu đồng
Chậm nộp tờ khai từ 31 đến 60 ngày	5 – 8 triệu đồng
Chậm nộp tờ khai từ 61 đến 90 ngày	8 – 15 triệu đồng
Chậm nộp tờ khai trên 90 ngày	15 – 25 triệu đồng

Sai lầm 2: Chọn sai phương pháp tính thuế

Một doanh nghiệp sản xuất có chi phí đầu vào lớn nhưng lại áp dụng phương pháp trực tiếp sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, gây thiệt hại tài chính đáng kể. Ngược lại, doanh nghiệp dịch vụ nhỏ với ít hóa đơn đầu vào có thể phù hợp hơn với phương pháp trực tiếp.

Sai lầm 3: Kê khai sai chỉ tiêu trên tờ khai

Các lỗi phổ biến:

• Nhầm lẫn giữa thuế suất 0%, 5% và 10% (hiện là 8% đối với một số nhóm hàng hóa, dịch vụ theo Nghị quyết 204/2025/QH15, áp dụng đến hết 31/12/2026)
• Kê khai thuế GTGT đầu vào cho các khoản chi không được khấu trừ (như chi phí tiếp khách không có hóa đơn hợp lệ, mua hàng hóa thanh toán bằng tiền mặt từ 5 triệu đồng trở lên)
• Không phân bổ thuế GTGT đầu vào cho hàng hóa, dịch vụ dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế

Sai lầm 4: Không lưu trữ hóa đơn, chứng từ đầy đủ

Theo Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024 và Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào bao gồm:

• Có hóa đơn GTGT hợp pháp
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên (đã gồm thuế GTGT, áp dụng từ 01/7/2025; trước đó là 20 triệu đồng)
• Có hợp đồng mua bán (đối với một số trường hợp)

Sai lầm 5: Quên kê khai bổ sung khi phát hiện sai sót

Khi phát hiện tờ khai đã nộp có sai sót, doanh nghiệp cần nộp tờ khai bổ sung theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019. Thời hạn kê khai bổ sung là trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

Một số trường hợp đặc biệt cần lưu ý

Doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% theo Luật Thuế GTGT 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP, với điều kiện:

• Có hợp đồng bán hàng hoặc gia công cho nước ngoài
• Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng
• Có tờ khai hải quan (đối với hàng hóa)

Doanh nghiệp xuất khẩu thường có thuế GTGT đầu vào lớn hơn đầu ra, do đó phát sinh quyền được hoàn thuế GTGT.

Doanh nghiệp kinh doanh bất động sản

Doanh nghiệp bất động sản mới thành lập cần lưu ý phân bổ thuế GTGT đầu vào cho từng dự án và kê khai riêng cho hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại nơi có bất động sản (nếu khác tỉnh với trụ sở chính).

Doanh nghiệp FDI (có vốn đầu tư nước ngoài)

Doanh nghiệp FDI mới thành lập trong giai đoạn đầu tư, chưa phát sinh doanh thu, có quyền đề nghị hoàn thuế GTGT đầu vào cho giai đoạn đầu tư nếu đáp ứng điều kiện theo Luật Thuế GTGT 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Checklist kê khai thuế GTGT cho doanh nghiệp mới

Để đảm bảo tuân thủ đầy đủ, doanh nghiệp mới thành lập nên kiểm tra theo danh sách sau:

• Đã đăng ký mã số thuế và nhận giấy chứng nhận đăng ký thuế
• Đã xác định và đăng ký phương pháp tính thuế GTGT (Mẫu 06/GTGT)
• Đã đăng ký tài khoản thuế điện tử và chữ ký số
• Đã cài đặt phần mềm HTKK hoặc phần mềm kế toán hỗ trợ kê khai
• Đã xác định kỳ kê khai (tháng hoặc quý)
• Đã thiết lập hệ thống lưu trữ hóa đơn, chứng từ
• Đã nắm rõ thời hạn nộp tờ khai và nộp thuế
• Đã phân công nhân sự phụ trách kế toán thuế

Khi nào cần đến sự hỗ trợ của chuyên gia pháp lý?

Dù việc kê khai thuế GTGT có thể tự thực hiện, nhưng doanh nghiệp nên tìm đến sự hỗ trợ chuyên nghiệp trong các trường hợp:

• Doanh nghiệp có nhiều ngành nghề kinh doanh với thuế suất GTGT khác nhau
• Doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu cần hoàn thuế
• Doanh nghiệp bị cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra về thuế GTGT
• Doanh nghiệp cần kê khai bổ sung hoặc khiếu nại quyết định xử phạt
• Doanh nghiệp mới thành lập chưa có bộ phận kế toán chuyên trách

Liên hệ Luật Taga – Đồng hành cùng doanh nghiệp

Với đội ngũ luật sư và chuyên gia thuế giàu kinh nghiệm, Luật Taga cung cấp dịch vụ tư vấn thuế toàn diện cho doanh nghiệp mới thành lập, bao gồm:

• Tư vấn lựa chọn phương pháp tính thuế GTGT phù hợp
• Hỗ trợ đăng ký thuế, kê khai thuế ban đầu
• Rà soát và tối ưu nghĩa vụ thuế hàng kỳ
• Đại diện doanh nghiệp làm việc với cơ quan thuế
• Tư vấn xử lý các vấn đề phát sinh về thuế GTGT

Liên hệ ngay để được tư vấn miễn phí:

• Hotline: 0968.856.464
• Website: luattaga.vn
• Email: info@luattaga.vn

Đừng để sai sót trong kê khai thuế trở thành gánh nặng tài chính cho doanh nghiệp của bạn. Hãy để Luật Taga đồng hành cùng bạn ngay từ những bước đi đầu tiên.