Thuế đối với nhà thầu phụ trong dự án đầu tư công 2026

Tổng quan về nhà thầu phụ trong dự án đầu tư công

Trong lĩnh vực đầu tư công, nhà thầu phụ đóng vai trò không thể thiếu trong chuỗi thực hiện dự án. Theo quy định tại Luật Đấu thầu 2023 (Luật số 22/2023/QH15) và Luật Đầu tư công 2019 (Luật số 39/2019/QH14), nhà thầu phụ là tổ chức, cá nhân ký hợp đồng với nhà thầu chính để thực hiện một phần công việc của gói thầu.

Trên thực tế, rất nhiều doanh nghiệp khi tham gia với tư cách nhà thầu phụ trong các dự án đầu tư công gặp vướng mắc về nghĩa vụ thuế: kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) như thế nào, xuất hóa đơn cho ai, thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tính ra sao, và đặc biệt là các rủi ro pháp lý khi không tuân thủ đúng quy định.

Bài viết này sẽ phân tích chi tiết từng loại thuế mà nhà thầu phụ phải thực hiện, cùng các lưu ý thực tiễn giúp doanh nghiệp tránh được những sai sót phổ biến.

Xác định tư cách pháp lý của nhà thầu phụ

Nhà thầu phụ theo Luật Đấu thầu 2023

Theo Điều 4 Luật Đấu thầu 2023, nhà thầu phụ được phân loại thành:

Nhà thầu phụ đặc biệt: Thực hiện phần công việc quan trọng của gói thầu, phải được chủ đầu tư chấp thuận và được nêu trong hồ sơ dự thầu
Nhà thầu phụ thông thường: Thực hiện các phần công việc phụ trợ, không bắt buộc phải nêu trong hồ sơ dự thầu

Việc xác định đúng tư cách nhà thầu phụ có ý nghĩa quan trọng trong việc xác định nghĩa vụ thuế, bởi quan hệ hợp đồng giữa nhà thầu phụ với nhà thầu chính là quan hệ dân sự – thương mại, không phải quan hệ trực tiếp với chủ đầu tư hay cơ quan nhà nước.

Mối quan hệ hợp đồng và ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế

Lưu ý quan trọng: Nhà thầu phụ ký hợp đồng với nhà thầu chính, không phải với chủ đầu tư. Do đó, nghĩa vụ thuế phát sinh trên cơ sở hợp đồng thầu phụ, và hóa đơn được xuất cho nhà thầu chính.

Điều này khác biệt cơ bản với trường hợp nhà thầu liên danh, nơi mỗi thành viên liên danh có quan hệ trực tiếp với chủ đầu tư và tự chịu trách nhiệm về nghĩa vụ thuế của phần công việc mình đảm nhận.

Thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với nhà thầu phụ

Nguyên tắc chung về thuế GTGT

Theo Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi, bổ sung năm 2013, 2016) và Nghị định 209/2013/NĐ-CP, nhà thầu phụ khi cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho nhà thầu chính phải kê khai và nộp thuế GTGT theo quy định chung.

Phương pháp tính thuế GTGT áp dụng:

Đối tượng	Phương pháp khấu trừ	Phương pháp trực tiếp
Doanh nghiệp có doanh thu ≥ 1 tỷ đồng/năm	Áp dụng	Không
Doanh nghiệp mới thành lập đăng ký tự nguyện	Áp dụng	Không
Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh	Không	Áp dụng
Doanh nghiệp có doanh thu < 1 tỷ đồng/năm	Không (trừ đăng ký tự nguyện)	Áp dụng

Thuế suất GTGT áp dụng

Đối với các công việc xây dựng, lắp đặt trong dự án đầu tư công, thuế suất GTGT thông thường là 8% (theo Nghị định 72/2024/NĐ-CP về giảm thuế GTGT, nếu còn hiệu lực) hoặc 10% theo thuế suất thông thường.

Cụ thể:

Thi công xây dựng, lắp đặt: Thuế suất 10% (hoặc 8% nếu thuộc đối tượng giảm thuế)
Cung cấp vật tư, thiết bị: Thuế suất 10% (hoặc 8% tùy loại hàng hóa)
Tư vấn thiết kế, giám sát: Thuế suất 10% (hoặc 8% nếu thuộc đối tượng giảm thuế)
Dịch vụ vận chuyển: Thuế suất 10% (hoặc 8%)

Xuất hóa đơn và kê khai thuế GTGT

Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ và Thông tư 78/2021/TT-BTC, nhà thầu phụ phải:

Xuất hóa đơn GTGT cho nhà thầu chính khi hoàn thành bàn giao từng phần hoặc toàn bộ công việc
Thời điểm xuất hóa đơn: Là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng hoàn thành (không phân biệt đã thu tiền hay chưa)
Kê khai thuế GTGT: Theo tháng hoặc theo quý tùy thuộc vào doanh thu của năm trước liền kề

Ví dụ thực tế: Công ty A là nhà thầu phụ thi công phần móng cho dự án đường cao tốc (dự án đầu tư công). Công ty A ký hợp đồng thầu phụ với Công ty B (nhà thầu chính) trị giá 5 tỷ đồng. Khi hoàn thành nghiệm thu từng đợt, Công ty A xuất hóa đơn GTGT cho Công ty B với thuế suất 10%. Công ty B sử dụng hóa đơn này để khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi kê khai với chủ đầu tư.

Thuế GTGT vãng lai ngoại tỉnh

Đây là vấn đề rất quan trọng mà nhiều nhà thầu phụ bỏ qua. Theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh:

Nhà thầu phụ phải nộp thuế GTGT vãng lai tại tỉnh nơi có công trình với tỷ lệ 1% trên doanh thu (đối với phương pháp khấu trừ)
Số thuế GTGT đã nộp vãng lai được trừ vào số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính
Phải gửi Bản sao chứng từ nộp thuế vãng lai cho cơ quan thuế quản lý trụ sở chính

Sai lầm phổ biến: Nhiều nhà thầu phụ không kê khai thuế vãng lai tại nơi có công trình, dẫn đến bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế và phải nộp tiền chậm nộp.

Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Xác định thu nhập chịu thuế

Theo Luật Thuế TNDN 2008 (sửa đổi, bổ sung năm 2013, 2014) và Thông tư 78/2014/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 96/2015/TT-BTC), nhà thầu phụ xác định thu nhập chịu thuế TNDN theo công thức:

Thu nhập chịu thuế = Doanh thu – Chi phí được trừ + Thu nhập khác

Thuế suất TNDN phổ thông hiện hành là 20%.

Chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế

Nhà thầu phụ cần đặc biệt lưu ý các điều kiện để chi phí được trừ:

Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh
Có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định
Khoản chi có hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP)

Tạm nộp thuế TNDN

Theo Nghị định 91/2022/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 126/2020/NĐ-CP:

Nhà thầu phụ phải tạm nộp thuế TNDN hàng quý theo ước tính
Tổng số thuế TNDN tạm nộp 4 quý không thấp hơn 80% so với quyết toán năm
Nếu nộp thiếu trên 20% sẽ bị tính tiền chậm nộp trên phần chênh lệch

Thuế TNDN vãng lai ngoại tỉnh

Tương tự thuế GTGT, nhà thầu phụ hoạt động xây dựng ngoại tỉnh phải:

Nộp thuế TNDN vãng lai tại tỉnh nơi có công trình với tỷ lệ 1% trên doanh thu
Số thuế đã nộp vãng lai được trừ vào số thuế TNDN phải nộp tại trụ sở chính

Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

Đối với nhà thầu phụ là cá nhân

Trong một số dự án đầu tư công, nhà thầu phụ có thể là cá nhân kinh doanh hoặc hộ kinh doanh. Khi đó, nghĩa vụ thuế TNCN được xác định theo Thông tư 40/2021/TT-BTC:

Loại hoạt động	Tỷ lệ thuế GTGT	Tỷ lệ thuế TNCN
Xây dựng, lắp đặt (không bao thầu vật tư)	1%	1.5%
Xây dựng, lắp đặt (có bao thầu vật tư)	1%	1.5%
Sản xuất, vận tải, cung cấp hàng hóa kèm dịch vụ	1%	0.5%
Dịch vụ tư vấn	5%	2%

Đối với nhà thầu phụ là doanh nghiệp – nghĩa vụ khấu trừ thuế TNCN

Nhà thầu phụ là doanh nghiệp có nghĩa vụ khấu trừ thuế TNCN tại nguồn đối với:

Tiền lương, tiền công của người lao động tham gia dự án
Thu nhập từ hợp đồng dịch vụ với cá nhân cung cấp dịch vụ cho nhà thầu phụ
Thu nhập vãng lai từ 2 triệu đồng/lần trở lên phải khấu trừ 10% thuế TNCN trước khi thanh toán

Các loại thuế và nghĩa vụ tài chính khác

Thuế môn bài

Theo Nghị định 139/2016/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 22/2020/NĐ-CP), nhà thầu phụ phải nộp thuế môn bài theo mức:

Vốn điều lệ trên 10 tỷ đồng: 3.000.000 đồng/năm
Vốn điều lệ từ 10 tỷ đồng trở xuống: 2.000.000 đồng/năm
Chi nhánh, văn phòng đại diện: 1.000.000 đồng/năm

Phí bảo vệ môi trường

Đối với các dự án đầu tư công có hoạt động khai thác khoáng sản, nạo vét, nhà thầu phụ có thể phải nộp phí bảo vệ môi trường theo Nghị định 27/2023/NĐ-CP.

Bảo hiểm xã hội bắt buộc

Nhà thầu phụ phải đóng đầy đủ bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp cho người lao động tham gia dự án. Đây là khoản chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.

Các rủi ro thuế phổ biến và cách phòng tránh

Rủi ro về hóa đơn

Xuất hóa đơn không đúng thời điểm: Nhiều nhà thầu phụ chờ nhận tiền mới xuất hóa đơn, trong khi quy định yêu cầu xuất hóa đơn tại thời điểm nghiệm thu
Hóa đơn không hợp lệ: Sử dụng hóa đơn của nhà cung cấp đã bỏ trốn, ngừng hoạt động
Không sử dụng hóa đơn điện tử: Từ năm 2022, hóa đơn điện tử là bắt buộc theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP

Rủi ro về chi phí được trừ

Thanh toán tiền mặt trên 20 triệu đồng: Chi phí sẽ không được trừ khi tính thuế TNDN
Không có hợp đồng lao động với công nhân thời vụ: Không có cơ sở tính chi phí tiền lương
Chi phí không liên quan đến hoạt động kinh doanh: Bị loại trừ khi thanh tra thuế

Rủi ro về kê khai vãng lai

Đây là sai sót phổ biến nhất:

Không kê khai thuế vãng lai tại nơi có công trình
Kê khai sai doanh thu phân bổ cho từng tỉnh
Không gửi bản sao chứng từ nộp thuế vãng lai cho cơ quan thuế trụ sở chính

Hậu quả: Bị xử phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP với mức phạt từ 2 triệu đến 25 triệu đồng cho hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế, và phải nộp tiền chậm nộp 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp.

Ưu đãi thuế cho nhà thầu phụ trong dự án đầu tư công

Ưu đãi thuế TNDN

Nhà thầu phụ có thể được hưởng ưu đãi thuế TNDN nếu:

Thực hiện dự án tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn (thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm)
Thuộc lĩnh vực công nghệ cao, nghiên cứu khoa học phục vụ dự án (thuế suất ưu đãi 10%)
Là doanh nghiệp nhỏ và vừa được hưởng chính sách hỗ trợ theo Luật Hỗ trợ DNNVV 2017

Giảm thuế GTGT

Theo chính sách giảm thuế GTGT từ 10% xuống 8% (nếu được Quốc hội gia hạn), nhà thầu phụ cung cấp dịch vụ xây dựng, lắp đặt được áp dụng thuế suất giảm, giúp giảm chi phí cho dự án đầu tư công.

Hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế đúng quy định

Bước 1: Xác định rõ phạm vi công việc và giá trị hợp đồng

Khi ký hợp đồng thầu phụ, cần ghi rõ:

Giá trị hợp đồng trước thuế và sau thuế
Thuế suất GTGT áp dụng
Phương thức thanh toán và điều kiện xuất hóa đơn
Trách nhiệm kê khai thuế vãng lai (nếu thi công ngoại tỉnh)

Bước 2: Đăng ký thuế tại nơi có công trình (nếu ngoại tỉnh)

Nộp Mẫu 01/ĐKTT tại Chi cục Thuế nơi có công trình để đăng ký thuế vãng lai trước khi bắt đầu thi công.

Bước 3: Xuất hóa đơn và kê khai thuế đúng kỳ

Xuất hóa đơn điện tử cho nhà thầu chính tại thời điểm nghiệm thu
Kê khai thuế GTGT, TNDN định kỳ theo tháng hoặc quý
Nộp thuế vãng lai tại nơi có công trình trong kỳ kê khai

Bước 4: Lưu trữ hồ sơ và chứng từ đầy đủ

Theo quy định, hồ sơ thuế phải được lưu trữ tối thiểu 10 năm kể từ ngày kết thúc năm tài chính, bao gồm:

Hợp đồng thầu phụ và phụ lục hợp đồng
Biên bản nghiệm thu khối lượng
Hóa đơn đầu vào, đầu ra
Chứng từ thanh toán qua ngân hàng
Bảng lương, hợp đồng lao động

Kết luận

Nghĩa vụ thuế của nhà thầu phụ trong dự án đầu tư công là vấn đề phức tạp, đòi hỏi sự hiểu biết sâu rộng về cả pháp luật đấu thầu lẫn pháp luật thuế. Việc tuân thủ đúng quy định không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro pháp lý, tiền phạt, mà còn đảm bảo quyền lợi hợp pháp khi tham gia các dự án công.

Các doanh nghiệp cần đặc biệt chú ý đến nghĩa vụ kê khai thuế vãng lai ngoại tỉnh, thời điểm xuất hóa đơn, và điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt để đảm bảo chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.

Luật Taga với đội ngũ luật sư và chuyên gia tư vấn thuế giàu kinh nghiệm, sẵn sàng hỗ trợ doanh nghiệp trong việc tư vấn nghĩa vụ thuế khi tham gia dự án đầu tư công, rà soát hợp đồng thầu phụ, và đại diện doanh nghiệp trong các cuộc thanh tra, kiểm tra thuế.

Liên hệ ngay để được tư vấn:

Hotline: 0968.856.464
Website: luattaga.vn
Địa chỉ: Hệ thống văn phòng Luật Taga trên toàn quốc

Thuế đối với nhà thầu phụ trong dự án đầu tư công: Quy định chi tiết và hướng dẫn thực hiện