Chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ 2026: Điều kiện, ưu đãi, hồ sơ

Chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ là "tấm vé" để doanh nghiệp có hoạt động nghiên cứu, phát triển (R&D) tiếp cận các ưu đãi lớn về thuế thu nhập doanh nghiệp, đất đai, tín dụng và đấu thầu. Từ ngày 14/10/2025, thủ tục này được thực hiện theo Nghị định 268/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo số 93/2025/QH15, với bộ điều kiện mới phân theo quy mô doanh nghiệp và thẩm quyền cấp chuyển về UBND cấp tỉnh. Bài viết dưới đây, Luật Taga tổng hợp điều kiện, ưu đãi, hồ sơ và những lưu ý thực tiễn mà doanh nghiệp cần nắm trước khi nộp hồ sơ.

Doanh nghiệp khoa học và công nghệ là gì?

Doanh nghiệp khoa học và công nghệ (doanh nghiệp KH&CN) là doanh nghiệp tạo ra sản phẩm từ kết quả nghiên cứu mà mình sở hữu hoặc có quyền sử dụng hợp pháp và được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ. Loại hình này được quy định tại Điều 39 Luật số 93/2025/QH15 và hướng dẫn chi tiết tại Chương IV (Điều 47 – Điều 56) Nghị định 268/2025/NĐ-CP.

Cần phân biệt: đây không phải một loại hình doanh nghiệp riêng như công ty TNHH hay công ty cổ phần. Doanh nghiệp vẫn đăng ký theo loại hình thông thường (xem thủ tục thành lập công ty), sau đó đề nghị chứng nhận khi đủ điều kiện. Giấy chứng nhận có hiệu lực toàn quốc, dạng giấy hoặc điện tử.

Điều kiện cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ

Điều kiện chung (khoản 1 Điều 49 Nghị định 268/2025/NĐ-CP)

Mọi doanh nghiệp đề nghị chứng nhận đều phải:

1. Được thành lập và hoạt động theo Luật Doanh nghiệp;
2. Tạo ra sản phẩm khoa học và công nghệ, đổi mới sáng tạo từ kết quả nghiên cứu được sở hữu hoặc sử dụng hợp pháp, gồm một trong các dạng:
   • Sáng chế, giải pháp hữu ích, kiểu dáng công nghiệp, thiết kế bố trí mạch tích hợp bán dẫn đã được cấp văn bằng bảo hộ;
   • Chương trình máy tính đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả;
   • Giống cây trồng, giống vật nuôi mới, tiến bộ kỹ thuật đã được bảo hộ hoặc công nhận;
   • Kết quả nhiệm vụ khoa học và công nghệ đã được nghiệm thu, công nhận;
   • Công nghệ nhận chuyển giao đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký chuyển giao công nghệ.

Như vậy, tài sản trí tuệ là "đầu vào" bắt buộc. Nếu sản phẩm cốt lõi của doanh nghiệp là một giải pháp kỹ thuật, nên đăng ký bảo hộ sáng chế, giải pháp hữu ích; nếu là phần mềm, cần đăng ký bản quyền chương trình máy tính trước khi nộp hồ sơ chứng nhận.

Điều kiện theo quy mô doanh nghiệp

Điểm mới quan trọng nhất của Nghị định 268/2025/NĐ-CP so với Nghị định 13/2019/NĐ-CP trước đây là điều kiện được phân tầng theo quy mô (lớn, vừa, nhỏ và siêu nhỏ — xác định theo pháp luật về hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa):

Tiêu chí	Doanh nghiệp lớn	Doanh nghiệp vừa	Doanh nghiệp nhỏ và siêu nhỏ
Chi cho R&D, đổi mới sáng tạo	Tối thiểu 2% doanh thu thuần bình quân 3 năm tài chính liền kề, hoặc từ 200 tỷ đồng/năm	Tối thiểu 2% doanh thu thuần bình quân 3 năm liền kề	Tối thiểu 2% doanh thu thuần bình quân 3 năm liền kề
Nhân lực R&D	Bộ phận R&D tối thiểu 10 người trình độ đại học trở lên, trong đó ít nhất 5 người Việt Nam	Bộ phận R&D tối thiểu 5 người trình độ đại học trở lên, có người Việt Nam	Tối thiểu 2 nhân lực KH&CN (có người Việt Nam) hoặc thuê từ 2 chuyên gia của cơ sở nghiên cứu, đào tạo, tổ chức KH&CN
Doanh thu sản phẩm KH&CN	Tối thiểu 30% tổng doanh thu hoặc từ 90 tỷ đồng/năm	Tối thiểu 20% tổng doanh thu trong 3 năm liền kề	Có ít nhất 01 sản phẩm KH&CN đang được thương mại hóa
Hiệu quả bổ sung	Có ít nhất một: xuất khẩu; công nghệ thuộc Danh mục khuyến khích chuyển giao; đạt giải thưởng quốc gia/quốc tế về chất lượng hoặc môi trường	Không yêu cầu	Không yêu cầu

Với doanh nghiệp hoạt động dưới 3 năm, các chỉ tiêu được tính bình quân trên toàn bộ thời gian hoạt động nhưng không ít hơn 01 năm tài chính đầy đủ.

Lưu ý thực tiễn: Tiêu chí chi R&D 2% áp dụng cho mọi quy mô, kể cả doanh nghiệp nhỏ. Hãy hạch toán riêng các khoản chi nghiên cứu (lương nhân sự R&D, thiết bị, thuê chuyên gia…) ngay từ đầu; "dựng lại" số liệu khi làm hồ sơ rất dễ vênh với báo cáo tài chính.

Ưu đãi dành cho doanh nghiệp khoa học và công nghệ

Theo Điều 56 Nghị định 268/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận được hưởng ưu tiên, ưu đãi về đầu tư, đấu thầu, thuế, tín dụng, đất đai theo quy định pháp luật. Sản phẩm mới được bổ sung vào Giấy chứng nhận được hưởng ưu đãi kể từ thời điểm bổ sung.

Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 (hiệu lực từ 01/10/2025) và Nghị định 320/2025/NĐ-CP xếp doanh nghiệp KH&CN vào nhóm được ưu đãi thuế. Theo hướng dẫn của Cục Thuế (Công văn 2191/CT-CS), doanh nghiệp KH&CN được:

• Áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm;
• Miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.

Trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận sau khi đã phát sinh thu nhập, thời gian miễn, giảm thuế được tính kể từ năm được cấp Giấy chứng nhận (Nghị định 320/2025/NĐ-CP).

Bên cạnh đó, Luật Thuế TNDN 2025 cho phép doanh nghiệp trích tối đa 20% thu nhập tính thuế lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ (trước đây tối đa 10%), và cho phép tính chi phí R&D vào chi phí được trừ ở mức cao hơn chi phí thực tế (tối đa 200%) theo điều kiện luật định.

Các ưu đãi khác

• Đất đai, hạ tầng: ưu tiên thuê đất, thuê hạ tầng tại khu công nghiệp, khu công nghệ cao và các khu chức năng tương tự (khoản 2 Điều 39 Luật số 93/2025/QH15).
• Quy chuẩn kỹ thuật: bộ, ngành phải kịp thời xây dựng quy chuẩn cho sản phẩm rủi ro trung bình, cao theo đề xuất của doanh nghiệp (khoản 3 Điều 56).

Với startup, tham khảo thêm pháp lý cho startup gọi vốn từ quỹ đầu tư mạo hiểm.

Hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận

Theo Điều 50 Nghị định 268/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp nộp 01 bộ hồ sơ qua hệ thống dịch vụ công, gồm:

1. Đơn đề nghị cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ (Mẫu V.1);
2. Bản sao văn bản công nhận kết quả nghiên cứu của cơ quan có thẩm quyền: văn bằng bảo hộ sở hữu công nghiệp, Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả chương trình máy tính, Giấy chứng nhận đăng ký chuyển giao công nghệ, quyết định công nhận giống, tiến bộ kỹ thuật, giấy chứng nhận/xác nhận kết quả nhiệm vụ KH&CN…;
3. Bản chính phương án sản xuất, kinh doanh (Mẫu V.2), chứng minh doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện tại Điều 49 (chi R&D, nhân lực, tỷ trọng doanh thu sản phẩm KH&CN…).

Lưu ý thực tiễn: Phương án sản xuất, kinh doanh là phần quyết định kết quả thẩm định. Phương án cần chỉ rõ mối liên hệ giữa kết quả nghiên cứu → sản phẩm → doanh thu, số liệu khớp với báo cáo tài chính, hợp đồng lao động và chứng từ chi. Nếu doanh nghiệp chỉ được sử dụng (không sở hữu) công nghệ, cần có hợp đồng li-xăng hoặc hợp đồng chuyển giao công nghệ hợp lệ — xem dịch vụ tư vấn soạn thảo hợp đồng.

Trình tự, thời hạn và cơ quan cấp

Cơ quan có thẩm quyền

Theo Điều 48 Nghị định 268/2025/NĐ-CP, UBND cấp tỉnh nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính tiếp nhận, thẩm định, cấp, cấp thay đổi nội dung, cấp lại, thu hồi và hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận. Từ 01/7/2025, cả nước còn 34 tỉnh, thành phố; doanh nghiệp xác định UBND cấp tỉnh theo địa chỉ trụ sở chính hiện tại.

Các bước thực hiện

Bước	Nội dung	Thời hạn
1	Nộp hồ sơ qua hệ thống dịch vụ công	—
2	Kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ; yêu cầu bổ sung nếu thiếu	03 ngày làm việc
3	Thẩm định (tự thẩm định, lấy ý kiến chuyên gia độc lập hoặc lập Hội đồng) và quyết định cấp hoặc từ chối (có nêu lý do)	15 ngày kể từ ngày nhận hồ sơ hợp lệ
4	Nhận Giấy chứng nhận (Mẫu V.4)	—

Kinh phí thẩm định do ngân sách nhà nước bảo đảm (Điều 55 Nghị định 268/2025/NĐ-CP).

Khi thay đổi thông tin đăng ký doanh nghiệp, bổ sung danh mục sản phẩm/kết quả KH&CN hoặc Giấy chứng nhận bị mất, hỏng, doanh nghiệp làm thủ tục cấp thay đổi nội dung, cấp lại (Mẫu V.5); thời hạn xem xét là 10 ngày kể từ ngày nhận hồ sơ hợp lệ (Điều 52).

Nghĩa vụ sau khi được chứng nhận và rủi ro bị thu hồi

• Báo cáo hằng năm: báo cáo kết quả hoạt động (Mẫu V.6) trên nền tảng số của Bộ Khoa học và Công nghệ trước ngày 15/12 hằng năm (Điều 54).
• Kiểm tra định kỳ: cứ 03 năm kể từ ngày cấp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra việc duy trì điều kiện.
• Thu hồi khi doanh nghiệp giải thể, phá sản, bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp; không báo cáo 03 năm liên tiếp; không còn quyền sở hữu/sử dụng hợp pháp công nghệ; hoặc không đáp ứng điều kiện 03 năm liên tiếp. Từ khi bị thu hồi, doanh nghiệp không còn được hưởng ưu đãi.
• Hủy bỏ hiệu lực khi xâm phạm quyền sở hữu công nghệ đã kê khai hoặc giả mạo hồ sơ — doanh nghiệp phải hoàn trả toàn bộ ưu đãi đã nhận và bị xử lý theo pháp luật (Điều 53).

Lưu ý thực tiễn: Văn bằng bảo hộ sáng chế, nhãn hiệu… phải được duy trì hiệu lực (nộp phí duy trì đúng hạn). Khi phát hiện bên khác sao chép công nghệ, doanh nghiệp nên chủ động xử lý xâm phạm để bảo vệ tài sản trí tuệ.

Giấy chứng nhận cấp theo Nghị định 13/2019 còn dùng được không?

Theo hướng dẫn của cơ quan thuế, Giấy chứng nhận cấp theo Nghị định 13/2019/NĐ-CP chỉ là căn cứ hưởng ưu đãi theo quy định cũ; muốn hưởng ưu đãi theo Luật Thuế TNDN 2025, doanh nghiệp cần được cấp lại theo Nghị định 268/2025/NĐ-CP. Nên tham vấn cơ quan thuế quản lý hoặc luật sư trước khi quyết định.

Căn cứ pháp lý

• Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo số 93/2025/QH15;
• Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15;
• Nghị định 268/2025/NĐ-CP ngày 14/10/2025 quy định chi tiết và hướng dẫn một số điều của Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo (Chương IV về doanh nghiệp khoa học và công nghệ);
• Nghị định 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 quy định chi tiết Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp;
• Luật Sở hữu trí tuệ (sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 131/2025/QH15) — đối với các văn bằng bảo hộ làm căn cứ chứng nhận.

Luật Taga hỗ trợ chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ

Với thế mạnh sở hữu trí tuệ, Luật Taga hỗ trợ trọn quy trình: rà soát điều kiện, xác lập quyền với sáng chế, phần mềm; xây dựng phương án kinh doanh; nộp hồ sơ và giải trình. Tìm hiểu chi tiết tại dịch vụ giấy phép doanh nghiệp khoa học công nghệ, hoặc đọc thêm thành lập công ty công nghệ – startup và quy định pháp lý cần biết và ưu đãi thuế cho doanh nghiệp nông nghiệp công nghệ cao.

Khả năng đáp ứng điều kiện cần đánh giá theo từng doanh nghiệp. Liên hệ Luật Taga qua hotline 0968 856 464 hoặc gửi yêu cầu tư vấn để được luật sư rà soát hồ sơ trước khi nộp.